A fase de tratamento é dividida em dois níveis:
Nível I, quando ocorre a aprendizagem das regras do programa. Os monitores ou os seus auxiliares ajudam o residente recém-chegado. Este nível é marcado pela adaptação à comunidade; visitas, cartas, telefonemas e saídas não são permitidos, a não ser quando por extrema necessidade e com autorização da coordenação. Enfatiza-se a responsabilidade do residente em relação à comunidade. O interno realizará tarefas na comunidade a partir de uma semana e as responsabilidades são simples e limitadas. O desempenho na realização das tarefas, mudanças comportamentais e relacionais são constantemente avaliados e registrados. Novas metas são estabelecidas a partir das mudanças (positivas ou negativas) apresentadas. Este nível tem a duração de 30 dias.
Nível II – O residente é estimulado a assumir compromissos e ajudar a outros no seu tratamento. Trabalhos de maior responsabilidade serão designados neste nível, como recepcionar visitas, auxiliar na cozinha, etc.; Também ganha reconhecimento e confiança (status), podendo ser designado pela coordenação para a execução tarefas externas à comunidade. Nesta etapa os que tiverem aptidão para culinária serão encaminhados para a realização de cursos e então poderão ajudar na cozinha. Esta etapa tem a duração de 90 dias.